Homološki model dobiva trodimenzionalnu strukturu ciljnog proteina na temelju sličnosti između predloška i ciljnih sekvenci i ova tehnika se pokazala učinkovitom kada je u pitanju proučavanje membranskih proteina koji teško ih je kristalizirati poput GPCR-a jer pruža viši stupanj razumijevanja …
Što je homološko modeliranje i zašto je potrebno?
1.2.
Homološko modeliranje je najtočnija računska metoda za stvaranje pouzdanih strukturnih modela i obično se koristi u mnogim biološkim aplikacijama. Modeliranje homologije predviđa 3D strukturu proteina upita kroz poravnavanje sekvence predložačkih proteina.
Koji je princip modeliranja homologije?
Homološko modeliranje je također poznato kao komparativno modeliranje predviđa proteinske strukture na temelju homologije sekvence s poznatim strukturama. Temelji se na principu da " ako dva proteina dijele dovoljno visoku sličnost sekvence, vjerojatno će imati vrlo slične trodimenzionalne strukture. "
Što čini dobro modeliranje homologije?
Ako definiramo "veoma uspješan homološki model" kao onaj koji ima <=2 Å rmsd iz empirijske strukture, tada predložak mora imati >=60% identitet sekvence s ciljem za uspjeh stopa >70% Čak i pri visokim identitetima sekvenci (60%-95%), čak jedan od deset homoloških modela ima rmsd >5 Å vs.
Što od sljedećeg vrijedi za modeliranje homologije?
Objašnjenje: Kao što ime sugerira, modeliranje homologije predviđa strukture proteina na temelju homologije sekvenci s poznatim strukturama Modeliranje homologije proizvodi model svih atoma koji se temelji na usklađivanju s predloškim proteinima.… Pogreške napravljene u koraku poravnanja ne mogu se ispraviti u sljedećim koracima modeliranja.