SDS se snažno veže za pozitivno nabijene i hidrofobne ostatke proteina kroz svoje sulfatne skupine i alkilne lance , odnosno13 Prema tome, to je vrijedan deterdžent u području strukturalne biologije i studija savijanja/odmotavanja proteina.
Što SDS čini proteinima?
SDS je amfipatski surfaktant. denaturira proteine vežući se na proteinski lanac svojim repom ugljikovodika, otkrivajući normalno zakopane regije i oblažući proteinski lanac molekulama surfaktanta. Grupa polarnih glava SDS-a dodaje dodatnu prednost korištenju ovog denaturanta.
Kako se SDS veže na aminokiseline?
SDS ima hidrofobni rep koji snažno stupa u interakciju s proteinskim (polipeptidnim) lancima. Broj SDS molekula koje se vežu na protein je proporcionalan broju aminokiselina koje čine protein Svaka SDS molekula doprinosi dva negativna naboja, nadmašujući svaki naboj koji protein može imati.
Prekriva li SDS proteine?
SDS također oblaže protein jednoličnim negativnim nabojem, koji maskira intrinzične naboje na R-skupinama. SDS se prilično jednoliko veže na linearne proteine (oko 1,4 g SDS/1 g proteina), što znači da je naboj proteina sada približno proporcionalan njegovoj molekularnoj težini.
Kako SDS daje proteinima negativan naboj?
SDS je deterdžent koji sadrži dugi alifatski lanac i sulfatnu skupinu. Ovaj deterdžent u interakciji s denaturiranim proteinima formira snažno negativno nabijeni kompleks (negativni naboj koji proizlazi iz SO42 − grupe SDS). Proteini se prvo denaturiraju toplinom, a zatim se SDS dodaje u velikom višku.