BLAST je računalni algoritam koji je dostupan za korištenje online na web stranici Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI), kao i na mnogim drugim stranicama. BLAST može brzo uskladiti i usporediti upitnu DNK sekvencu s bazom podataka sekvenci, što ga čini ključnim alatom u tekućim genomskim istraživanjima.
Je li BLAST primarna baza podataka?
BLAST je najrašireniji softver u istraživanju bioinformatike. Njegova glavna funkcija je usporediti slijed od interesa, slijed upita, sa sekvencama u velikoj bazi podataka BLAST, a zatim izvještava o najboljim podudarnostima, ili "pogocima", pronađenim u bazi podataka. Ovaj jednostavan program ima dvije primarne aplikacije.
Je li NCBI baza podataka?
NCBI sadrži niz baza podataka relevantnih za biotehnologiju i biomedicinu i važan je resurs za bioinformatičke alate i usluge. Glavne baze podataka uključuju GenBank za sekvence DNK i PubMed, bibliografsku bazu podataka za biomedicinsku literaturu. Ostale baze podataka uključuju bazu podataka NCBI Epigenomics.
Je li BLAST zaposlen samo u NCBI bazama podataka?
BLAST je dostupan na webu na web stranici NCBI. Dostupne su različite vrste BLAST-ova prema sekvencama upita i ciljnim bazama podataka.
Kako radi baza podataka BLAST?
Kako BLAST radi? BLAST identificira homologne sekvence koristeći heurističku metodu koja u početku pronalazi kratka podudaranja između dvije sekvence; dakle, metoda ne uzima u obzir cijeli prostor sekvence. Nakon početnog podudaranja, BLAST pokušava pokrenuti lokalna poravnanja iz ovih početnih utakmica.